Am 18. Juni 2016 ist Lars Müller-Marienburg zum Superintendenten der Diözese Niederösterreich gewählt worden. Die Amtseinführung erfolgte am 15. Oktober 2016 in der Auferstehungskirche in Wiener Neustadt.
Anfang Oktober 2023 hat Lars Müller-Marienburg bekanntgegeben, dass er aus persönlichen Gründen sein Amt niederlegt. Mit einem Gottesdienst in der Auferstehungskirche in Wiener Neustadt ist er am Samstag, 25. November 2023, feierlich aus seinem Amt verabschiedet worden.
Nach seinem Weggang aus Österreich Organist und Kirchenmusiker an der St.-Nikolai-Kirche in Elmshorn/D. Umfangreiche Konzerttätigkeit im In- und Ausland als Organist und Kammermusikpartner.